1907年（明治40年）6月、東北帝国大学本部が仙台市に設置され、同年9月に札幌農学校が東北帝国大学農科大学（札幌区）に昇格した。1911年1月には、東北帝国大学理科大学（仙台市）が新設され、九州帝国大学本部の設置および九州帝国大学工科大学の新設がなされた（両者とも福岡市）。同年4月には、京都帝国大学福岡医科大学が移管されて九州帝国大学医科大学となった。これらの大学設置には、地元からの寄付金等も用いられたが、1907年度から5年間で約106万円に上った古河財閥の寄付金が用いられた（内訳は建築費が987,739円、事務費用69,137円）。古河財閥からの校舎建設資金は、東北帝大分が、農科大学135,519円、理科大学244,170円、九州帝大分が工科大学608,050円であった[1]。
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1911年（明治44年）、三度目の「北海道帝国大学設立建議案」が議会で採択されたが、政府は消極的だった。しかし、第一次世界大戦による好況（1915-18年）に入ると風向きが変わり、大学令公布に伴う各帝国大学の分科大学制から学部制への改組に先立って、1918年（大正7年）4月、札幌区所在の東北帝国大学農科大学を東北帝大から分離して北海道帝国大学が設立された。同年、原敬内閣の下、「高等諸学校創設及拡張計画」が帝国議会で可決され、東京帝国大学・京都帝国大学に各々経済学部が、東北帝国大学・九州帝国大学には各々法文学部が設置された。
帝国議会と政府との関係、資金面の問題、校舎建設の問題、前身となる高等教育機関と新設各帝国大学との関係から、この時期の帝国大学の設立経緯は複雑であり、原敬と同じ盛岡藩出身で藩校作人館修文所で同級生だった佐藤昌介（札幌農学校最後の校長、東北帝国大学農科大学初代学長、北海道帝国大学初代総長）も関係している[1]。また、この時期設立の帝大は全て地方名が大学名として採用され、その他の帝大が都市名を冠しているのとは対照的となっている。